十三行博物館設立の歴史は、1990年の十三行遺跡を破壊から救う事件から始まります。

当時の台湾省住都局（住宅及都市発展を司る官庁）は、十三行遺跡の上で汚水処理場を建設する予定でありました。保存を訴える考古学者の呼びかけと、それに呼応した大衆の熱烈な反響により、十三行遺跡は国家重要文化遺産二級古跡（現：国定遺跡）に指定され、一部の遺跡が保存されることになった。

1992年、行政院が台北県政府（現：新北市政府）に「十三行遺址文物陳列館」の設立を命じ、1998年に「十三行博物館」と正式に名称が決まり、主に十三行遺跡から出土された文物の展示場にしました。そして、北台湾の考古博物館および遺跡保存展示教育センターとして、2003年に十三行博物館がオープンしました。これからは更に、八里左岸の主なエコ･ミュージアムになることを目指します。